What's new

SimLoRD

Bianca Stöcker, Johannes Köster & Sven Rahmann

SimLoRD is a read simulator for third generation sequencing reads and is currently focused on the Pacific Biosciences SMRT error model.

Reads are simulated from both strands of a provided or randomly generated reference sequence.

Features:
* The reference can be read from a FASTA file or randomly generated with a given GC content. It can consist of several chromosomes, whose structure is respected when drawing reads. (Simulation of genome rearrangements may be incorporated at a later stage.)
* The read lengths can be determined in four ways: drawing from a log-normal distribution (typical for genomic DNA), sampling from an existing FASTQ file (typical for RNA), sampling from a a text file with integers (RNA), or using a fixed length
* Quality values and number of passes depend on fragment length.
* Provided subread error probabilities are modified according to number of passes
* Outputs reads in FASTQ format and alignments in SAM format

SimLoRD can be obtained via Bioconda and PyPI.

19.07.2016 | Neues Fachprojekt im WiSe 2016/17

Im folgenden Wintersemester 2016/2017 werden Marianna D’Addario und Sven Rahmann erneut ein Fachprojekt Bioinformatik an der TU Dortmund anbieten. Dieses Semester wird es sich thematisch um “Sequenzanalyse mit q-Grammen” drehen.
Der Termin ist immer Donnerstags um 14:15. Nähere Informationen finden sich auf der Webseite.

19.07.2016 | Neue Masterarbeit zum Thema Unterscheidung echter genetischer Varianten von systematischen Sequenzierfehlern

Till Hartmann, der schon früher am Lehrstuhl für Genominformatik als studentische Hilfskraft am dinopy-Projekt gearbeitet hat, wird seine Masterarbeit in Informatik am Lehrstuhl schreiben.
Thematisch geht es darum, in Hochdurchsatz-Sequenzdaten systemstische Sequenzierfehler von echten genetischen Varianten mit Hilfe von Methoden des maschinellen Lernens zu unterscheiden. Die Arbeit gliedert sich ein in das Teilprojekt C1 “Merkmalsselektion in hochdimensionalen Daten am Beispiel der Risikoprognose in der Onkologie” des SFB 876 “Verfügbarkeit von Information durch Analyse unter Ressourcenbeschränkung”.
Willkommen und viel Erfolg dabei, Till!

05.07.2016 | Article about epigenetics of monocyte to macrophage differentiation accepted in “Epigenetics & Chromatin”

Christopher Schröder, Daniela Beißer and Sven Rahmann from the Genome Informatics group contributed to novel insights about epigenetic changes during cell differentiation. The article will appear soon in the renowned “Epigenetics & Chromatin” journal (IF 4.873) by BioMedCentral.

Epigenetic dynamics of monocyte to macrophage differentiation
by Stefan Wallner, Christopher Schröder, Elsa Leitão, Tea Berulava, Claudia
Haak, Daniela Beißer, Sven Rahmann, Andreas S Richter, Thomas Manke,
Ulrike Böhnisch, Laura Arrigoni, Sebastian Fröhler, Filippos Klironomos,
Wei Chen, Nikolaus Rajewsky, Fabian Müller, Peter Ebert, Thomas
Lengauer, Matthias Barann, Philip Rosenstiel, Gilles Gasparoni, Karl
Nordström, Jörn Walter, Benedikt Brors, Gideon Zipprich, Bärbel Felder,
Ludger Klein-Hitpass, Corinna Attenberger, Gerd Schmitz, Bernhard Horsthemke

Abstract:
Monocyte to macrophage differentiation involves major biochemical and
structural changes. In order to elucidate the role of gene regulatory
changes during this process, we used high-throughput sequencing to
analyze the complete transcriptome and epigenome of human monocytes that
were differentiated in vitro by addition of colony stimulating factor 1
(CSF1) in serum-free medium. Numerous mRNAs and miRNAs were
significantly up- or downregulated. More than 100 discrete DNA regions,
most often far away from transcription start sites, were rapidly
demethylated by the ten-eleven translocation (TET) enzymes, became
nucleosome-free and gained histone marks indicative of active enhancers.
These regions were unique for macrophages and associated with genes
involved in the regulation of the actin cytoskeleton, phagocytosis and
innate immune response. In summary, we have discovered a phagocytic gene
network that is repressed by DNA methylation in monocytes and rapidly
de-repressed after the onset of macrophage differentiation.

Schnupperuni für Schülerinnen in Dortmund

In Dortmund findet vom 17.10.-21.10. die Schnupperuni für Schülerinnen statt. Die Veranstaltung richtet sich an Schülerinnen ab der 9. Klasse, die an einem Informatikstudium interessiert sind. Die Schnupperuni wird unter anderem von Marianna D’Addario organisiert. Weitere Informationen, sowie die Anmeldung finden sich unter www.schnupperuni.de.