Abschlussarbeiten

Diese Seite enthält Themenvorschläge für alle, die ihre Abschlussarbeit (Bachelor, Master, oder Diplom) im Bereich Genominformatik, Bioinformatik oder Algorithmik in der Arbeitsgruppe Bioinformatik für Hochdurchsatztechnologien schreiben wollen.

Themenvorschläge

Die folgenden Themen sind nur Vorschläge!
Eigene Ideen und Initiativen, sowie Arbeiten in Kooperation mit Arbeitsgruppen aus den Natur- und Lebenswissenschaften oder Firmen sind sehr willkommen. Es bedeuten: 

(B) – für Bachelorarbeiten geeignet,
(S) – für Studienarbeiten geeignet,
(M) – für Master- oder Diplomarbeiten geeignet.
 
Mögliche Themen (Stand November 2014, weitere Themen nach Absprache):

  • (M) Robuste Verfahren für array-CGH-Analysen
  • (B,S,M) Quantifizierung von Transkriptexpressionswerten
  • (M) Analyse-Algorithmen für Ionenmobilitätsspektrometrie-Daten
  • (B) Effizientes Zählen von gapped q-Grams
  • (M) Indexbasierte Methoden für das Flowgram-String-Alignment
  • (M) Abschätzung des metabolischen Potenzials der Hefe
  • (M) Read Mapping mit Hilfe numerischer Repräsentation von DNA und Signalverarbeitungsalgorithmen (Kooperation mit Prof. Winkel, FH Bingen)

Sprechen Sie bei Interesse gerne Prof. Rahmann oder Mitarbeiter/innen an.

Es gibt ein ausführlicheres Dokument mit einer genaueren Beschreibung der Themen. Eine Kopie mit den genauen Beschreibungen können Sie gerne bei einem Gespräch über Ihre Themeninteressen erhalten. Wir stellen dieses Dokument aber nicht elektronisch zur Verfügung.
Es empfiehlt sich eine Terminvereinbarung per e-mail.

Bitte beachten Sie auch unbedingt die wichtigen Hinweise zu Abschlussarbeiten!
 

Laufende und abgeschlossene Arbeiten (Auswahl)

  • Modellierung einer Scoring-Funktion für das Flowgram-String-Alignment (Tobias Meier)
  • Accelerating modeling of MCC/IMS data using GPGPU programming (Henning Funke)
  • DNA-Sequenzanalyse mit fehlertoleranten Hashfunktionen (Henning Timm)
  • Tool zur Elementarmodenanalyse – Identifikation von Targets zum Metabolic Engineering (Christopher Schröder)
  • Rekonstruktion von Protein-Interaktionsabhängigkeiten mit dem Quine-McCluskey-Algorithmus (Bianca Patro)
  • Modeling Sequence-Specific Errors in Second-Generation Sequencing Reads (Manuel Allhoff)
  • Suche nach Fusionsgenen in Hochdurchsatzsequenzexperiemten (Fabian Bienek)
  • Cluster-Editing auf großen Datenmengen (Philipp Kopp)
  • Mapping und Visualisierung von bisulfitbehandelten Sequenzreads (Diana Howey)
  • Motivsuche in biologischen Sequenzen mittels p-Wert-Berechnung durch probabilistische arithmetische Automaten (Timo Stöcker)
  • Entwurf einer Datenstruktur für Pangenome (Christiane Küch)
  • Mining von Constraints in Proteinhypernetzwerken mit Hilfe der PubMed-Datenbank (Michael Nimbs)
  • Das Maximum Density Subsegment Problem bei der Analyse von SNP-Daten (Manuel Allhoff)
  • Design von Oligonukleotid-Bibliotheken in der DNA-Nanotechnologie (Marianna D’Addario, Kooperation mit Nils Kriege, AG Mutzel, und Prof. Niemeyer, Chemie)
  • Algorithms for the Minimum String Cover Problem (Chris Schwiegelshohn)
  • On-line Analyse von zweidimensionalen Spektrometriedaten (Robert Kirberich)
  • Propagating Interaction Logic toward Predictive Protein Hypernetworks (Johannes Köster, Kooperation mit Dr. Eli Zamir, MPI für Molekulare Physiologie)
  • Analyse von Ionenmobilitätsspektroskopie-Daten (Dominik Kopczynski, Kooperation mit Dr. Baumbach, B&S-Analytik GmbH)
  • Theoretische Analyse und Entwurf stochastischer Rekombinationssysteme wie Brainbow (Thorsten Glebocki, Stefan Pöter)
  • Bewertung und Vorhersage kreuzhybridisierender Sonden auf Exon-Arrays (Djamila Lindemann)
  • Evolutionäre Algorithmen zur Motivsuche in DNA-Sequenzen (Frank Behler)
  • Analyse eines BWT-basierten Suffixarraykonstruktionsalgorithmus (Jasmin Smula)