PG 583: Algorithmen zur Entdeckung krebsauslösender Genvarianten

Thema

Algorithmisch geht es um Datenstrukturen, die Texte (konkret DNA-Sequenzen) indizieren können, von denen es mehrere Varianten gibt, bei denen manche Stellen also variabel sind (SNPs) oder vorhanden bzw. nicht vorhanden (Insertionen, Deletionen). Damit soll die Suche nach relevanten Veränderungen in Krebsgenomen vereinfacht werden.
Näheres steht im öffentlichen Teil des PG-Antrags.

Betreuer

  • Dominik Kopczynski (LS XI und SFB 876)
  • Dominik Köppl (LS XI)
  • Henning Timm (LS XI)
  • Prof. Johannes Fischer (LS XI)
  • Prof. Sven Rahmann (LS XI, SFB 876 und Universität Duisburg-Essen)

Teilnhehmer

  1. Benjamin Kramer
  2. Jens Quedenfeld
  3. Janet Fiedler
  4. Sven Schrinner
  5. Marcel Bargull
  6. Kada Benadjemia
  7. Jan Stricker
  8. David Losch

Mailingliste, Wiki, Repository, Accounts

  • Über pg583.cs@lists.tu-do… kann an alle Teilnehmer und Betreuer eine Mail verschickt werden.
    (Bitte als Absender die offizielle Uni-Adresse verwenden. Varianten müssen eventuell noch von uns freigeschaltet werden.)
  • Die interne Koordinierung wird über eine vom ITMC bereitgestellte Redmine-Instanz laufen.
    Dieses stellt ein Ticket-System, ein Wiki und ein git Repository zur Verfügung.
    In der Seminarphase wird es einen Einführungsvortrag in Projektmanagement mit Redmine geben.

Wichtige Termine

  • Eine Vorbesprechung findet am Dienstag 04.02.2014 von 10-12 Uhr in OH14/202 statt, kurz vor Ende der Vorlesungszeit des Wintersemesters.
    Dieser Termin ist verbindlich und Pflicht. Nichtteilnahme führt zum Ausschluss von der PG.
    An diesem Termin wird die Seminarphase geplant, und die Themen werden verteilt.
    Zusätzlich wird ein verbindlicher Termin für die wöchentlichen Treffen im Sommersemester festgelegt.
  • Die Seminarphase findet am 02. und 03. April (Mittwoch + Donnerstag vor Beginn des Sommersemesters) von 9-16 Uhr statt, ebenfalls in OH14/202.
    Die Teilnahme am PG-Seminar ist verpflichtend.
    Am Dienstag Abend (01.04.) findet dort ein Kennenlerntreffen/Spieleabend statt. Dieser Abend ist optional, aber empfohlen.
  • Die Vortragsfolien für die Seminarphase müssen den Betreuern bis zum 23.03. vorliegen, damit noch Korrekturen möglich sind.
    Gleichzeitig soll bis zu diesem Termin eine eigene Zusammenfassung (1-2 Absätze) der PG-Ziele von jedem/jeder Teilnehmer/in abgegeben werden.
  • Die reguläre Vorlesungszeit beginnt am 07.04.2014; in jeder Semesterwoche findet mindestens eine Gesamtsitzung aller PG-Betreuer und Teilnehmer/innen statt.
    Weitere gemeinsame Termine der Gruppe oder von Teilgruppen werden von der PG selbst koordiniert.
  • Bei Fragen vorab benutzt gerne schon die Mailiingliste (s.o.).

Seminarphase

1. Tag: Organisatorische Themen

  • Einführung in die Projektverwaltung mit Fokus auf ITMC-Redmine (90 min)
  • Schreiben wissenschaftlicher Berichte mit LaTeX (90 min)
  • Aspekte der Softwareentwicklung: Wahl der Programmiersprache(n), Tests, Profiling (90 min)
  • Source Code Management, Einführung in git (90 min)
  • Diskussion der PG-Ziele (30 min)

2. Tag: Wissenschaftliche Themen

Interner Link zur Organisation der Seminarphase