Seminar “Aktuelle Themen der Bioinformatik”

Sommersemester 2016: Immuninformatik

Wir befassen uns mit Algorithmen zu Fragestellungen aus der Immuninformatik, zum Beispiel:

  • Grundlagen der HLA-Typisierung
  • HLA-Typisierung aus Exom-Daten
  • Bestimmung von T-Zell-Rezeptor- und B-Zell-Rezeptor-Sequenzen
  • Diversitätsanalyse des Rezeptor-Repertoires
  • Vorhersage von Neoantigenen

Zu jedem dieser Themen können mehrere Arbeiten vergeben werden. Abhängig von der Teilnehmerzahl kann das Seminar im SoSe 2016 als Blockseminar angeboten werden.

Vorbesprechung: Do 14.04.2016 um 14ct in OH12/3.030
Bei der Vorbesprechung stelle ich Grundlagen des Immunsystems und Fragestellungen der Immuninformatik vor. Danach wählen Sie nach Interesse ein Themengebiet und erhalten Originalartikel bzw. PDFs davon zum Lesen und zum Arbeiten. Die genaue Zeitplanung arbeiten wir gemeinsam aus; die ersten Vorträge werden ca. 3-4 Wochen nach der Vorbesprechung stattfinden.

Zeitplan:
regelmässige Termine Donnerstags 14ct in OH12/3.030 oder als Blockseminar nach Vereinbarung.


Allgemeine Information zum Seminar

Das Seminar “Aktuelle Themen der Bioinformatik” ist ein Informatik-Seminar, in dem Algorithmen zu biologischen Fragestellungen besprochen werden. Das Seminar findet nach Bedarf statt, und zwar jeweils mit verschiedenen Schwerpunkten. Es dient der Vertiefung und Erweiterung des Stoffes aus einer der Bioinformatik-Vorlesungen (z.B. Algorithmen auf Sequenzen, Algorithmische Bioinformatik, Computational Omics) und ist auch eine gute Vorbereitung auf eine Abschlussarbeit im Bereich der Bioinformatik.
Dieses Seminar ist besonders zu empfehlen für Studierende der Angewandten Informatik mit Anwendungsfach Bioinformatik, sowie für alle, die sich für das Thema Bioinformatik interessieren.

Wir besprechen in Form von Vorträgen und kritischen Diskussionen aktuelle Arbeiten aus dem Bereich der algorithmischen Bioinformatik, wie sie auf den gängigen Bioinformatik-Tagungen (z.B. ISMB, WABI, CSB, RECOMB, ISBRA, etc.) oder einschlägigen Zeitschriften (Bioinformatics, Journal of Computational Biology, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, BMC Bioinformatics, etc.) erscheinen. Häufig, aber nicht ausschließlich liegen diese Arbeiten aus methodischer Sicht in den Bereichen

  • Algorithmenentwurf- und Analyse (randomisierte Algorithmen, fixed-parameter Algorithmen, schnelle Heuristiken)
  • Kombinatorische Optimierung
  • Stochastische Methoden
  • Verarbeitung großer Datenmengen
  • String-Algorithmen

Verlangt wird ein ca. 45-bis-60-minütiger Vortrag, der eine aktuelle Arbeit verständlich vorstellt und im Anschluss kritisch diskutiert, und eine schriftliche Ausarbeitung, die die wesentlichen Punkte des Vortrags zusammenfasst (ca. 10 Seiten).
Beachten Sie dabei unbedingt die Hinweise zu Seminar-Ausarbeitungen!

Es wird darum gebeten, bei Interesse vorab eine e-mail an den Veranstalter Sven Rahmann zu schreiben (vorname.nachname@tu-dortmund.de).
Grundsätzlich empfehle ich, dieses Seminar nur zu belegen, wenn Sie vorher mindestens eine Bioinformatik-Vorlesung bei mir gehört haben oder an einer Projektgruppe in diesem Bereich teilgenommen haben; ansonsten müssen Sie u.U. sehr viel Zeit auf die Erarbeitung biologischer Grundlagen verwenden.


Vergangene Ausgaben dieses Seminars