Hinweise Abschlussarbeit

Warum eine Abschlussarbeit in der Bioinformatik?

  • Die Interessen der Gruppe liegen vor allem im Bereich der Algorithmischen Bioinformatik.
    Hier bietet sich die Gelegenheit, alles, was man im Studium über Entwurf und Analyse von Algorithmen gelernt hat, in den Lebenswissenschaften anzuwenden.
  • Wer die aktuellen Nachrichten verfolgt (z.B. die Aussagen von Craig Venter), merkt, dass uns im Bereich der Molekulargenetik weitere Revolutionen bevorstehen. Was hat es mit der Behauptung auf sich, künstlich erschaffene Lebewesen (Bakterien) könnten uns möglicherweise beim Kampf gegen den Klimawandel helfen?
  • Die heutige Molekularbiologie ist so komplex geworden, dass sich ohne Informatik-Unterstützung kaum Übersicht in den Datenwust bringen lässt. Die Datenmengen (Genomdaten, Massenspektren, Mikroskopie-Aufnahmen) sind so groß, dass wir praktisch ständig am Limit des technisch machbaren (Speicherkapazitäten, Prozessor-Geschwindigkeit) arbeiten.
  • Hier sind clever entworfene, effiziente Algorithmen besonders wichtig. Es wird klar, dass “Algorithm Engineering” nicht Selbstzweck ist, sondern gut designte Algorithmen bestimmte Probleme erst lösbar machen, die vorher in angemessener Zeit nicht lösbar waren.
  • Wer zudem den Dialog mit Biologen, Chemikern, und Biotechnologen aktiv sucht und andere Disziplinen verstehen lernt, hat als Informatiker bei den Unternehmen der entsprechenden Branchen hervorragende Berufschancen.

 

Wie bekommt man ein Thema?

Wenn Sie erwägen, eine Abschlussarbeit im Bereich der Bioinformatik zu schreiben (oder sich überhaupt für dieses Fach interessieren), ist folgendes Vorgehen empfehlenswert:

  1. Versuchen Sie, möglichst früh festzustellen, wo Ihre Interessen liegen, um in diesem Bereich Vorlesungen und Seminare zu belegen. Dann haben Sie dort eine gute Grundlage für eine Abschlussarbeit.
  2. Besuchen Sie aktiv eine der in diesem Bereich angebotenen Vorlesungen (z.B. Algorithmen auf Sequenzen, Algorithmische Bioinformatik, Rekonstruktion biologischer Netzwerke).
  3. Besuchen Sie anschließend das Hauptseminar “Aktuelle Themen der Bioinformatik” zur Vertiefung (für Master- und Diplomarbeiten).
  4. Werfen Sie einen Blick auf unsere Forschungsgebiete.
  5. Sprechen Sie mich in der Vorlesung und/oder im Seminar auf mögliche Themen zu Abschlussarbeiten an.
    Alternativ (wenn Sie mich gerade nicht finden können): Schreiben Sie mir eine e-mail und vereinbaren einen Termin.
  6. Wenn wir uns noch nicht persönlich kennen, möchte ich, dass Sie Vorschläge für Themen machen, die Sie interessieren, und vor allem begründen, warum das für Sie interessant ist und warum Sie für dieses Thema qualifiziert sind.
  7. Vermeiden Sie, mit der Einstellung “Ich brauch da mal ein Thema für eine Arbeit” zu kommen. Das klappt nur in den seltensten Fällen! Die Abschlussarbeit ist ein sehr wichtiger Teil des Studiums, und Sie sollten ausführlich darüber nachdenken, worüber und bei wem Sie eine Arbeit schreiben wollen.

 

Vorbereitung und Anmeldung

  • Bitte machen Sie sich mit der Prüfungsordnung vertraut!
  • Lernen Sie die Feinheiten Ihres Textverarbeitungs- oder Schriftsatzsystems kennen, bevor Sie eine längere wichtige Arbeit schreiben.
    Ideal dafür sind Proseminar, Fachprojekt, etc.
  • Machen Sie sich frühzeitig, also vor Beginn der Arbeit(!), mit den Möglichkeiten der Literaturrecherche vertraut.
  • Hier sind hilfreiche Unterlagen (Checklisten, etc.) des Lehrstuhls
  • Hier sind Beschlüsse des Prüfungsausschusses der Fakultät zu Diplomarbeiten (analog zu anderen Abschlussarbeiten)
  • Hier sind Formulare für den Antrag auf Erst- und Zweitbetreuung, die von Ihnen ausgefüllt werden müssen.

 

Während der Betreuungsphase

  • Kurz nach dem offiziellen Beginn der Arbeit müssen Sie einen Einführungsvortrag im DDH-Seminar halten (siehe unten).
  • Bitte bereiten Sie sich gut auf die Betreuungs-Gespräche vor. Erstellen Sie eine Liste mit Fragen und Unklarheiten, damit wir nichts vergessen. Im Schnitt halte ich wöchentliche bis 14-tägige Termine für sinnvoll.
  • Sie müssen nicht zu Gesprächen kommen. Aber: Ich empfehle dringend, vom Betreuungsangebot Gebrauch zu machen, denn Sie arbeiten ansonsten voll und ganz auf eigenes Risiko. Manchen Menschen liegt das aber, und ich will niemanden zwingen.
  • Haben Sie keine Angst, in den Betreuungsgesprächen Fehler zu machen oder zuzugeben! Das ist die beste Methode, um dazuzulernen! (Beispiel: In einem Artikel steht, die Laufzeit eines Algorithmus sei O(n2). Beim Nachvollziehen kommen Sie aber auf O(n2 log n). Machen Sie im Gespräch klar, warum Sie denken, dass der Autor falsch liegt. Vielleicht haben Sie Recht. Vielleicht sehen Sie auch nicht, was das entscheidende Argument ist. Wichtig ist, dass Sie Gründe für Ihren Standpunkt haben und wir in der Diskussion klären können, wer Recht hat.)
    Schlecht hingegen wäre es, wenn sich in der abgegebenen Arbeit viele elementare Fehler finden.
  • Sie können jederzeit Fragen per e-mail an mich richten.
  • Der Arbeitsaufwand ist laut Prüfungsordnung hoch: Bei der Bearbeitungsdauer von 4 bis 6 Montaten (Diplom, Master) wird von einer Vollzeit-Beschäftigung ausgegangen! Die Bearbeitungszeit für eine Bachelorarbeit beträgt 4 Monate; hierbei wird aber nicht von Vollzeit ausgegangen!

 

Abgabe und Benotung

  • Für die schriftliche Arbeit gelten meine Hinweise zu Ausarbeitungen, wie sie auch für Seminare und Proseminare gelten.
  • Für die Einhaltung der formalen Randbedingungen und Fristen sind Sie selbst verantwortlich.
  • Bei der Benotung kommen grundsätzlich alle Noten in Frage.
    Der Vollständigkeit halber sei darauf hingewiesen, dass eine Abschlussarbeit mit ‘nicht ausreichend’ bewertet werden kann (siehe die jeweils gültige Prüfungsordnung).
    Es sollte in Ihrem eigenen Interesse liegen, eine gute oder sogar sehr gute Arbeit zu schreiben. Die Prüfungsordnung sagt dazu, dass eine solche Arbeit über den durchschnittlichen Anforderungen liegen muss.
  • Leider werden manchmal Teile einer Arbeit aus anderen Quellen abgeschrieben, ohne dass die Quellen genannt werden.
    Gegenüber Plagiaten habe ich Null Toleranz
    . In solchen Fällen ist die Abschlussarbeit selbstredend nicht bestanden. Soweit es die Gesetze zulassen, kommt auch eine Anzeige wegen der Verletzung geistigen Eigentums in Betracht.

 

Informationen zum DDH-Seminar

  • Die Arbeit soll von Ihnen zwei mal im Abschlussarbeits-Seminar (“DDH-Seminar”) des Lehrstuhl 11 präsentiert werden, und zwar einmal mit einem Einführungsvortrag nach der Einarbeitung, und einmal mit einem Abschlussvortrag wenige Wochen nach (zur Not auch kurz vor) Abgabe der Arbeit. Ohne diese beiden Vorträge wird Ihre Arbeit nicht angenommen.
  • Die Organisation der Termine wird von Carsten Gutwenger und Karsten Klein am Lehrstuhl verwaltet. Kümmern Sie sich frühzeitig um die Termine
  • Einführungsvortrag (30 min + Diskussion): Sie sollen zeigen, dass Sie die Themenstellung verstanden und sich eingearbeitet haben. Erste Ideen sollen präsentiert werden.
  • Abschlussvortrag (45 min + Diskussion): Fassen Sie die Themenstellung kurz zusammen. Stellen Sie die Methoden vor, die Sie in der Arbeit benutzen. Erläutern Sie Ihre Ergebnisse und diskutieren Sie Ihre Arbeit im Kontext; gehen Sie dabei auch auf offen gebliebene Fragen ein oder Probleme, die sich nicht lösen ließen.